Ombudsmanul European poate analiza plângerile transmise de membrii personalului din administrația UE. Cu toate acestea, Ombudsmanul nu are puterea de a modifica o decizie luată de administrație.

Înainte de a face o plângere la Ombudsman, membrul personalului vizat trebuie să utilizeze integral procedura internă aplicabilă în cazul plângerilor de natură administrativă. Pentru cele mai multe cazuri, procedura este prevăzută la articolul 90 din Statutul funcționarilor Uniunii Europene.

Totuși, dacă o instituție, un organism, o organizație sau o agenție a UE nu a răspuns la o solicitare de informații din partea unui membru al personalului, Ombudsmanul îi poate recomanda administrației să răspundă chiar dacă procedura internă privind plângerile nu a fost utilizată.

Administrația UE dispune de o marjă de discreție mare în ceea ce privește modul de organizare a resurselor sale umane și modul de evaluare a performanței membrilor personalului. Prin urmare, de obicei, Ombudsmanul va iniția o anchetă cu privire la o plângere a unui membru al personalului doar dacă există indicii privind posibile erori evidente legate de evaluare sau deficiențe procedurale sau sistemice grave.

Ombudsmanul are un rol oficial în asigurarea faptului că administrația UE respectă dispozițiile Convenției Națiunilor Unite privind drepturile persoanelor cu handicap. De asemenea, Ombudsmanul are rolul de a se asigura că administrația UE își respectă obligațiile privind procedurile împotriva hărțuirii.