Unijna administracja dysponuje wieloma przepisami służącymi zapobieganiu konfliktom interesów i naruszeniom innych zasad etycznych. Zadaniem Rzecznika Praw Obywatelskich jest pomoc w zapewnieniu wdrażania tych przepisów, a także wspomaganie instytucji w uniknięciu jakichkolwiek przypuszczeń, że mogły nastąpić uchybienia natury etycznej.

Szczególnym obszarem zainteresowania Rzecznik jest efekt „drzwi obrotowych”, który polega na przechodzeniu urzędników publicznych z administracji UE do sektora prywatnego (lub na odwrót). Odchodzący urzędnicy mogą chcieć wykorzystywać sieci, do których mieli dostęp na poprzednich stanowiskach, bądź wywierać wpływ na kształt przepisów lub regulacji UE. Takie sytuacje mogą podważać zaufanie do unijnej administracji.

Choć dążenie grup interesów do wpływania na demokratyczny proces decyzyjny UE jest sprawą normalną, musi się to jednak odbywać z zachowaniem najwyższych standardów przejrzystości, tak aby ograniczać problemy związane z potencjalnymi konfliktami interesów. Przejrzystość działalności lobbingowej oraz sposoby współpracy grup interesów z unijnymi instytucjami przewijają się w postępowaniach wyjaśniających Rzecznika.

Rzecznik analizuje kwestie etyczne zgłaszane przez skarżących, którzy są niezadowoleni ze sposobu rozpatrzenia ich spraw przez daną instytucję. Rzecznik może jednak podejmować też działania z własnej inicjatywy i badać określone zagadnienia, gdy stwierdza, że istnieją potencjalne obawy społeczne oraz jest to uzasadnione.