Uprava EU-a ima brojna pravila za sprečavanje sukoba interesa ili drugih povreda etičkih načela. Zadaća je Ombudsmana osigurati primjenu tih pravila te pomoći institucijama da ne stvaraju percepciju kako su etički propusti mogući.

Ombudsman je posebno usmjeren na pitanje „rotirajućih vrata”, pri čemu javni službenici napuštaju upravu EU-a kako bi preuzeli radna mjesta u privatnom sektoru (ili obrnuto). Javni službenici koji prelaze u privatni sektor mogu nastojati iskoristiti mreže kojima su imali pristup u svojim prijašnjim ulogama ili pokušati utjecati na zakonodavstvo ili propise EU-a, čime se može narušiti povjerenje javnosti u upravu EU-a.

Iako je uobičajeno da interesna skupina nastoji utjecati na postupak demokratskog donošenja odluka u EU-u, ključno je da se to odvija u skladu s najvišim standardima transparentnosti kako bi se izbjegli potencijalni sukobi interesa. Transparentnost lobiranja i način na koji interesne skupine surađuju s institucijama EU-a stalne su teme Ombudsmanovih istraga.

Ombudsman može istražiti etička pitanja ako ih pokrenu podnositelji pritužbi nezadovoljni načinom na koji je predmetna institucija riješila njihove probleme. Međutim, može pokrenuti i istrage na vlastitu inicijativu istražiti pitanja u kojima je svjestan mogućih zabrinutosti javnosti i za to utvrdi osnovanu sumnju.