ELi haldusasutustel on palju eeskirju, et ennetada huvide konflikte või muid eetikarikkumisi. Ombudsmani roll on aidata tagada nende eeskirjade rakendamist ning ühtlasi aidata institutsioonidel vältida arusaama, et eetikarikkumisi võib esineda.

Ombudsmani erilise tähelepanu all on pöördukse efekt, mis tähendab, et ametiisikud lahkuvad ELi haldusasutusest ja saavad ametikoha erasektoris (või vastupidi). Erasektorisse siirduvad ametiisikud võivad püüda kasutada võrgustikke, millele neil oli juurdepääs oma varasemates rollides, või mõjutada ELi õigusloomet. See võib kahjustada üldsuse usaldust ELi haldusasutuste vastu.

Kuigi on normaalne, et huvirühmad püüavad mõjutada ELi demokraatlikku otsustusprotsessi, on väga oluline, et võimalike huvide konfliktidega seotud kahtluste leevendamiseks toimuks see kõrgeimate läbipaistvusstandardite kohaselt. Lobitöö läbipaistvus ja huvirühmade suhtlemine ELi institutsioonidega on korduvad teemad ombudsmani uurimistes.

Ombudsman võib uurida eetikaküsimusi, kui neid tõstatavad kaebuste esitajad, kes ei ole rahul, kuidas institutsioon käsitles nende pöördumisi. Samas võib ombudsman tegutseda ka omal algatusel, kui ta saab teada võimalikest üldsuse kahtlustest ja leiab, et uurimine on põhjendatud.