Správa EU zavedla řadu pravidel, která mají zabránit střetům zájmů a jinému porušování etických zásad. Úlohou veřejné ochránkyně práv je pomoci zajistit, aby tato pravidla byla prováděna, a také pomáhat orgánům předcházet vzniku dojmu, že mohlo dojít k porušení etických norem.

Zvláštní oblastí zájmu veřejné ochránkyně práv je otázka „otáčivých dveří“, kdy veřejní činitelé opouštějí správu EU, aby se ujali funkcí v soukromém sektoru (nebo naopak). Veřejní činitelé, kteří odcházejí do soukromého sektoru, se mohou snažit využívat sítě, k nimž měli přístup v rámci svých dřívějších funkcí, nebo se mohou pokusit ovlivnit právní předpisy nebo regulaci EU. To může oslabit důvěru veřejnosti ve správu EU.

Ačkoli je běžné, že zájmové skupiny usilují o ovlivňování demokratického rozhodovacího procesu EU, je nezbytné, aby k tomu docházelo v souladu s nejvyššími standardy transparentnosti, a zmírnily se tak obavy z možných střetů zájmů. Transparentnost lobbingu a to, jak zájmové skupiny spolupracují s orgány EU, jsou opakujícími se tématy šetření veřejné ochránkyně práv.

Veřejná ochránkyně práv se může zabývat etickými otázkami, pokud je nastolují stěžovatelé, kteří nejsou spokojeni s tím, jak daný orgán jejich obavy řešil. Může však také jednat z vlastního podnětu a zabývat se otázkami, u nichž se dozví o možných obavách veřejnosti a zjistí pro to důvody.