Администрацията на ЕС има много правила за избягване на конфликти на интереси или други нарушения на етичните норми. Ролята на Омбудсмана е да спомага за гарантиране спазването на тези правила, както и да съдейства на институциите да не допускат впечатлението, че е възможно да бъдат нарушени етичните норми.

Омбудсманът обръща специално внимание на въпроса за кадровата въртележка между държавния и частния сектор, при който държавни служители напускат администрацията на ЕС и заемат длъжности в частния сектор (или обратно). Държавните служители, които преминават на работа в частния сектор понякога се опитват да се възползват от мрежите от връзки, до които са имали достъп в рамките на предишните си длъжности, или да влияят върху законодателството или нормотворчеството в ЕС. Това може да подкопае общественото доверие в администрацията на ЕС.

Въпреки че е нормално заинтересованите групи да се стремят да упражняват влияние върху демократичния процес на вземане на решения в ЕС, от съществено значение е това да се извършва в съответствие с най-високите стандарти за прозрачност, за да се ограничат опасенията относно потенциални конфликти на интереси. Прозрачността на лобирането и начинът, по който заинтересованите групи си взаимодействат с институциите на ЕС, са често повтарящи се теми на проверките на Омбудсмана.

Омбудсманът понякога разглежда етични въпроси, поставени от жалбоподатели, които са недоволни от начина, по който въпросната институция е подходила към техни опасения. Омбудсманът обаче може също така по собствена инициатива да разглежда проблеми, когато до знанието ѝ достигнат потенциални обществени опасения, които счита за основателни.