W odpowiedzi na bezprecedensową sytuację spowodowaną pandemią COVID-19 wiele instytucji, agencji i organów UE było zobowiązanych do przyjęcia ukierunkowanych środków lub dostosowania swoich procesów roboczych w celu sprostania wyzwaniom związanym z sytuacją nadzwyczajną. Obejmowały one pomoc w koordynowaniu działań w zakresie zdrowia publicznego w UE oraz zatwierdzanie specjalnych leków, a także środki gospodarcze mające na celu złagodzenie społecznych i gospodarczych skutków kryzysu.

W kwietniu 2020 r. Rzecznik Praw Obywatelskich rozpoczął analizę prac administracji UE w kontekście kryzysu związanego z COVID-19. W pierwszej kolejności na tym etapie zwróciła uwagę Komisji Europejskiej i Rady na fakt, że ich obowiązki dotyczące przejrzystości nie uległy zmniejszeniu w ramach reagowania kryzysowego.

W lipcu 2020 r. Rzecznik Praw Obywatelskich wszczął szereg dochodzeń i inicjatyw, analizując konkretne aspekty prac różnych instytucji, agencji i organów UE.

W dniu 20 lipca 2020 r. Rzecznik Praw Obywatelskich uruchomił inicjatywę strategiczną dotyczącą przejrzystości środków wprowadzonych przez Europejski Bank Inwestycyjny w odpowiedzi na kryzys związany z COVID-19. W pierwszej kolejności Rzecznik Praw Obywatelskich analizuje przejrzystość warunków i kryteriów związanych z nowymi środkami finansowania dla małych i średnich przedsiębiorstw.

24 lipca 2020 r. Rzecznik Praw Obywatelskich wszczął dochodzenie w sprawie prac prowadzonych przez Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób (ECDC) w zakresie gromadzenia i oceny danych związanych z kryzysem związanym z COVID-19.

27 lipca 2020 r. Rzecznik Praw Obywatelskich poczyniła pierwsze kroki w swoim dochodzeniu w sprawie reakcji Rady UE na COVID-19, w szczególności w odniesieniu do przejrzystości procesu decyzyjnego. W szczególności dochodzenie dotyczy decyzji Rady o tymczasowym odstępstwie od jej regulaminu wewnętrznego w czasie kryzysu oraz konsekwencji, jakie miało to dla jej procesu decyzyjnego i jego przejrzystości.

W dniu 29 lipca 2020 r. w następstwie pisma z kwietnia Rzecznik przedstawiła Komisji Europejskiej szereg bardziej szczegółowych pytań, w szczególności dotyczących przejrzystości zamówień publicznych, doradztwa naukowego i działalności lobbingowej w kontekście kryzysu.

29 lipca 2020 r. Rzecznik wystosowała pismo do Europejskiej Agencji Leków (EMA), aby zapytać o nowo utworzoną grupę zadaniową EMA ds. pandemii (COVID-ETF), która została utworzona, aby pomóc w podejmowaniu szybkich i skoordynowanych działań regulacyjnych w zakresie opracowywania, dopuszczania do obrotu i monitorowania bezpieczeństwa leków przeznaczonych do leczenia COVID-19 i zapobiegania mu.