Het gebruik van een discretionaire bevoegdheid kan niet leiden tot willekeur. Een overheidsinstantie moet altijd goede redenen hebben om de ene handelwijze te kiezen in plaats van de andere. Een normaal onderdeel van de uitoefening van een discretionaire bevoegdheid is het uitleggen van de redenen waarom voor een bepaalde handelwijze is gekozen. Bovendien moet een instelling bij het nemen van een discretionair besluit handelen binnen de grenzen van haar wettelijke bevoegdheid. Er kunnen zeer ruime discretionaire bevoegdheden bestaan, maar deze zijn altijd onderworpen aan wettelijke beperkingen. In de rechtspraak van het Hof van Justitie zijn algemene grenzen aan een dergelijke bevoegdheid vastgesteld. Dit vereist bijvoorbeeld dat administratieve autoriteiten consequent en te goeder trouw handelen, discriminatie vermijden, de beginselen van evenredigheid, gelijkheid en gewettigd vertrouwen in acht nemen en de mensenrechten en fundamentele vrijheden eerbiedigen.