Evropski varuh človekovih pravic je 19. novembra 2003 začel preiskavo na lastno pobudo o vključevanju invalidov (OI/3/2003/JMA), zlasti kar zadeva ukrepe, ki jih je sprejela Evropska komisija za zagotovitev, da invalidi v odnosih z institucijo niso diskriminirani.

Po obsežni preiskavi, pri kateri so imele možnost sodelovanja vse vpletene osebe, je varuh človekovih pravic 4. julija 2004 preiskavo zaključil. Ugotovil je, da je Komisija sprejela številne pozitivne ukrepe za preprečevanje diskriminacije invalidnih oseb v njihovih odnosih z institucijo. Med njimi so tudi ukrepi, ki zagotavljajo preprostejši dostop do podatkov preko spletne strani Komisije ter izboljšanje pogojev zaposlovanja in napredovanja. Poudaril pa je, da si je treba prizadevati za boljšo osveščenost osebja Komisije glede potreb invalidov; ker pa je Komisija v zvezi s tem že sprejela številne obveze, je sklenil, da na tem področju ni potrebno nadaljnje ukrepanje z njegove strani.

Varuh pa je bil kritičen do pristopa Komisije kar zadeva razmere invalidnih učencev v evropskih šolah in ga ocenil kot neprimernega. Še posebej, ker Komisija ni obrazložila, kako namerava oceniti rezultate nove politike evropskih šol za vključevanje otrok s posebnimi izobraževalnimi potrebami in kakšen bo časovni razpored za to oceno. Za spremljanje stanja v bližnji prihodnosti je pozval Komisijo, naj do konca leta 2007 pripravi poročilo o dosedanjem napredku. Sam pa se je zavezal, da bo to poročilo objavil na spletni strani in tako z vsebino seznanil državljane.

Komisija je 21. decembra 2007 predložila svoje poročilo o vključevanju otrok s posebnimi izobraževalnimi potrebami v evropske šole. Mnenje Komisije je v angleški različici objavljeno na strani varuha človekovih pravic in bo v kratkem na voljo v vseh uradnih jezikih EU. Varuh bo na podlagi vsebine tega poročila in morebitnih komentarjev javnosti odločil, ali so potrebni nadaljnji ukrepi. Po prejemu in pregledu prispevkov državljanov bo v obliki pisma, objavljenega na njegovi strani, Komisijo obvestil o svojih sklepih.