Európsky ombudsman začal 19. novembra 2003 vyšetrovanie z vlastného podnetu vo veci integrácie osôb so zdravotným postihnutím (OI/3/2003/JMA) s osobitným zreteľom na opatrenia, ktoré vykonala Európska komisia s cieľom zabezpečiť, aby osoby so zdravotným postihnutím neboli v rámci ich vzťahu s inštitúciou diskriminované.

Po dlhom vyšetrovaní, na ktorom sa mohli zúčastniť všetky zainteresované osoby, ombudsman 4. júla 2007 toto vyšetrovanie z vlastného podnetu uzavrel. Dospel k záveru, že Komisia prijala množstvo pozitívnych opatrení, ktoré zaručia, že ľudia so zdravotným postihnutím nebudú v rámci ich vzťahu s inštitúciou diskriminovaní . Medzi pozitívne opatrenia zaradil tie opatrenia, ktoré uľahčia prístup k informáciám prostredníctvom internetovej stránky Komisie a zlepšia nábor zamestnancov a podmienky kariérneho postupu. Ombudsman však zdôraznil, že treba podniknúť ďalšie kroky s cieľom zvýšiť povedomie zamestnancov Komisie o potrebách ľudí so zdravotným postihnutím. Keďže však Komisia učinila v tomto smere viacero záväzkov, dospel k záveru, že z jeho strany nie sú potrebné žiadne ďalšie kroky.

Pokiaľ ide o situáciu žiakov so zdravotným postihnutím v európskych školách, ombudsman zaujal k prístupu Komisie kritický postoj a označil ho za nevhodný. Komisia v prvom rade nevysvetlila, ako chce vyhodnocovať výsledky novej politiky európskych škôl týkajúcej sa integrácie detí s osobitnými vzdelávacími potrebami, ani neuviedla časový plán takéhoto vyhodnotenia. V záujme sledovania ďalšieho vývoja situácie v blízkej budúcnosti ombudsman požiadal Komisiu, aby mu do konca roku 2007 predložila správu o dosiahnutom pokroku. Ombudsman prisľúbil, že túto správu uverejní na svojej internetovej stránke, aby informoval občanov o jej obsahu.

Dňa 21. decembra 2007 Komisia predstavila svoju správu o integrácii detí s osobitnými vzdelávacími potrebami zo strany európskych škôl. Stanovisko Komisie je v súčasnosti k dispozícii v anglickom jazyku na internetovej stránke ombudsmana a v krátkej dobe bude dostupné aj vo všetkých úradných jazykoch EÚ. O tom, či treba podniknúť ďalšie kroky, rozhodne ombudsman na základe obsahu uvedenej správy a so zreteľom na pripomienky, ktoré verejnosť môže predložiť k tejto otázke. Po doručení prípadných príspevkov občanov a ich vyhodnotení ombudsman oboznámi Komisiu so svojimi závermi formou listu, ktorý uverejní na svojej internetovej stránke.