La 19 noiembrie 2003, Ombudsmanul European a deschis o anchetă din proprie inițiativă privind integrarea persoanelor cu handicap (OI/3/2003/JMA), în special în ceea ce priveşte măsurile puse în aplicare de către Comisia Europeană pentru a garanta faptul că persoanele cu handicap nu sunt supuse niciunor discriminări în relațiile cu această instituție.

La 4 iulie 2007, după o anchetă îndelungată, la care au putut participa toate persoanele interesate, Ombudsmanul a închis ancheta sa din proprie inițiativă. Concluzia Ombudsmanului este că, la nivelul Comisiei, au fost adoptate o serie de măsuri pozitive pentru a garanta faptul că persoanele cu handicap nu sunt supuse niciunor discriminări în relațiile cu această instituție. Dintre aceste măsuri pozitive, Ombudsmanul le-a menţionat pe cele care vizează facilitarea accesului la informațiile publicate pe site-ul Internet al Comisiei şi ameliorarea condiţiilor de angajare şi de promovare. Totuşi, Ombudsmanul a subliniat că ar trebui depuse în continuare eforturi în vederea sensibilizării personalului instituției față de nevoile persoanelor cu handicap; deoarece Comisia şi-a asumat mai multe angajamente în acest domeniu, Ombudsmanul a ajuns la concluzia că nu mai este necesară o acţiune suplimentară din partea sa.

În ceea ce priveşte situaţia elevilor cu handicap din Şcolile europene, Ombudsmanul a exprimat o opinie critică referitoare la abordarea Comisiei, pe care o consideră necorespunzătoare. Mai precis, Comisia nu a reuşit să explice modul în care urmăreşte să evalueze rezultatele noii politici a Şcolilor europene privind integrarea copiilor cu nevoi educaţionale speciale şi nici să indice un calendar pentru o asemenea evaluare. În vederea monitorizării evoluţiei situaţiei pe termen scurt, Ombudsmanul a solicitat întocmirea de către Comisie, înainte de sfârșitul anului 2007, a unui raport privind progresele realizate. Ombudsmanul a decis să publice raportul respectiv pe site-ul Internet, în scopul informării cetățenilor în legătură cu informațiile conținute în acest raport.

La 21 decembrie 2007, Comisia a prezentat raportul său privind integrarea copiilor cu nevoi educaţionale speciale în şcolile europene. În prezent, versiunea în limba engleză a raportului Comisiei este disponibilă pe site-ul Internet al Ombudsmanului şi, în curând, raportul va fi publicat în toate limbile oficiale ale UE. Pe baza conţinutului acestui raport şi a eventualelor comentarii din partea opiniei publice, Ombudsmanul va decide dacă este necesară o nouă acţiune. După primirea şi examinarea eventualelor contribuţii din partea cetăţenilor, Ombudsmanul va informa Comisia cu privire la concluziile sale printr-o scrisoare care va fi publicată pe site-ul Internet al acestuia.