Em 19 de Novembro de 2003, o Provedor de Justiça Europeu abriu um inquérito de iniciativa sobre a integração das pessoas com deficiência (OI/3/2003/JMA), nomeadamente no que respeita às medidas aplicadas pela Comissão Europeia para garantir a não discriminação das pessoas com deficiência nas suas relações com a Instituição.

Em 4 de Julho de 2007, após um inquérito exaustivo em que todas as pessoas interessadas tiveram a possibilidade de participar, o Provedor de Justiça deu por encerrado o processo. De acordo com as conclusões do Provedor de Justiça, a Comissão tinha adoptado uma série de medidas positivas para garantir a não discriminação das pessoas com deficiência nas suas relações com a Instituição. De entre essas medidas, cita as destinadas a facilitar o acesso à informação através do sítio Internet da Comissão e a melhorar as condições de recrutamento e promoção. O Provedor de Justiça salienta, no entanto, que deveriam ser envidados mais esforços para sensibilizar o pessoal da Comissão para as necessidades das pessoas com deficiência; no entanto, dado que a Comissão tinha assumido uma série de compromissos a esse respeito, o Provedor de Justiça chegou à conclusão de que não era necessária mais nenhuma actuação da sua parte.

No que se refere à situação dos alunos com deficiência das Escolas Europeias, o Provedor de Justiça critica a abordagem da Comissão, que considera inadequada. Mais particularmente, a Comissão não explicou como se propunha avaliar os resultados da nova política das Escolas Europeias para integrar as crianças com necessidades educativas especiais, nem estabeleceu um calendário para a referida avaliação. A fim de controlar a evolução dos acontecimentos no futuro próximo, o Provedor de Justiça solicitou à Comissão que o informasse, até finais de 2007, sobre os progressos realizados. O Provedor de Justiça comprometeu-se a publicar esse relatório no seu sítio Internet para que os cidadãos dele possam tomar conhecimento.

Em 21 de Dezembro de 2007, a Comissão apresentou o seu relatório sobre a integração das crianças com necessidades educativas especiais nas Escolas Europeias. Este encontra-se já disponível em versão inglesa no sítio Internet do Provedor de Justiça Europeu, e será em breve publicado em todas as outras línguas oficiais da União Europeia. O Provedor de Justiça decidirá se é necessário adoptar mais medidas em função do conteúdo do relatório e dos possíveis comentários do público a respeito do mesmo. Uma vez recebidos e analisados os eventuais comentários dos cidadãos, o Provedor de Justiça informará por carta a Comissão acerca das suas conclusões, carta essa que poderá ser consultada também no seu sítio Internet.