Dnia 19 listopada 2003 r. Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich podjął dochodzenie z własnej inicjatywy w sprawie integracji osób niepełnosprawnych (OI/3/2003/JMA), w szczególności odnośnie środków podjętych przez Komisję Europejską celem zapobieżenia dyskryminowaniu osób niepełnosprawnych w ich stosunkach z instytucją.

Dnia 4 lipca 2007 r., po długotrwałym dochodzeniu, w którym umożliwiono wzięcie udziału wszystkim zainteresowanym stronom, Rzecznik zamknął owo dochodzenie z własnej inicjatywy. Rzecznik doszedł do wniosku, że Komisja podjęła szereg pozytywnych środków celem zapobieżenia dyskryminowaniu osób niepełnosprawnych w ich stosunkach z instytucją. Wśród tych pozytywnych środków wyróżnił te, które umożliwiają łatwiejszy dostęp do informacji za pośrednictwem strony internetowej Komisji, a także poprawę warunków naboru i zatrudnienia. Rzecznik podkreślił mimo wszystko, że należy zwiększyć wysiłki, by uwrażliwić personel Komisji na potrzeby osób niepełnosprawnych, skoro jednak Komisja podjęła szereg zobowiązań w tym względzie, Rzecznik doszedł do wniosku, że dalsze działania z jego strony nie wydają się konieczne.

Odnośnie do sytuacji uczniów niepełnosprawnych w Szkołach Europejskich, Rzecznik odniósł się krytycznie do podejścia Komisji i uznał je za niewłaściwe. Komisja w szczególności nie zdołała wyjaśnić, w jaki sposób zamierza ocenić wyniki nowej polityki Szkół Europejskich w zakresie integracji dzieci mających specjalne potrzeby edukacyjne, ani wskazać harmonogram przeprowadzenia takiej oceny. Aby móc monitorować rozwój sytuacji w najbliższej przyszłości, Rzecznik zwrócił się do Komisji o dostarczenie mu do końca 2007 r. sprawozdania z osiągniętych postępów. Rzecznik podjął się opublikowania sprawozdania na swojej stronie internetowej, aby umożliwić obywatelom zapoznanie się z jego treścią.

Dnia 21 grudnia 2007 r. Komisja przedłożyła swe sprawozdanie na temat integracji w Szkołach Europejskich dzieci mających specjalne potrzeby edukacyjne. Opinia Komisji w języku angielskim jest dostępna na stronie internetowej Rzecznika, a wkrótce zostaną na niej zamieszone wersje we wszystkich oficjalnych językach UE. Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich zdecyduje w oparciu o treść sprawozdania oraz w świetle ewentualnych uwag, jakie opinia publiczna może złożyć w tej sprawie, czy konieczne będzie podjęcie dalszych działań z jego strony. Po otrzymaniu i przeanalizowaniu ewentualnych opinii od obywateli, Rzecznik poinformuje Komisję o swych wnioskach pismem, jakie zostanie zamieszczone na jego stronie internetowej.