Fid-19 ta' Novembru 2003, l-Ombudsman Ewropew fetaħ investigazzjoni fuq inizjattiva tiegħu dwar is-suġġett ta' l-integrazzjoni ta' persuni b'diżabilitajiet (OI/3/2003/JMA), partikolarment fir-rigward ta' miżuri implimentati mill-Kummissjoni Ewropea li jassiguraw li persuni b'diżabilitajiet ma jiġux diskriminati fir-relazzjonijiet tagħhom ma' l-istituzzjoni.

Fl-4 ta' Lulju 2007, wara stħarriġ fit-tul, li fih kull persuna kkonċernata ingħatat l-opportunità li tipparteċipa, l-Ombudsman għalaq din l-investigazzjoni. L-Ombudsman ikkonkluda li l-Kummissjoni kienet ħadet numru ta' miżuri pożittivi li jiżguraw li persuni b'diżabilitajiet ma jiġux diskriminati fir-relazzjonijiet tagħhom ma' l-istituzzjoni. Fost il-miżuri pożittivi li hu identifika kien hemm dawk li jipprovdu aċċess aktar faċli għall-informazzjoni permezz tal-websajt tal-Kummissjoni u dawk li jtejbu l-kundizzjonijiet għar-reklutaġġ u l-promozzjoni. L-Ombudsman enfasizza, madankollu, li jeħtieġ isir aktar sabiex l-istaff tal-Kummissjoni jkunu aktar sensittiv għall-ħtiġijiet ta' persuni b'diżabilitajiet, imma peress li l-Kummissjoni ħadet numru ta' impenji f'dan ir-rigward, l-Ombudsman wasal għall-konklużjoni li min-naħa tiegħu ma kienx jidher li jeħtieġ li jittieħdu passi oħra.

Fir-rigward tas-sitwazzjoni tat-tfal ta' l-iskola b'diżabilitajiet fl-Iskejjel Ewropej, l-Ombudsman kien kritiku dwar l-approċċ tal-Kummissjoni u ikkunsidra li dan kien inadegwat. Partikolarment, il-Kummissjoni naqset milli tispjega kif biħsiebha tevalwa r-riżultati tal-politika l-ġdida ta' l-Iskejjel Ewropej dwar l-integrazzjoni ta' tfal bi bżonnijiet edukattivi speċjali (tfal SEN) u li tindika skeda għal din l-evalwazzjoni.

Sabiex jiġi mmonitorjat kif se tevolvi s-sitwazzjoni fil-futur qarib, l-Ombudsman talab lill-Kummissjoni sabiex tħejji rapport, sa tmiem is-sena 2007, dwar il-progress li jkun sar.

L-Ombudsman intrabat li jippubblika dan ir-rapport fuq il-websajt tiegħu, sabiex jinforma liċ-ċittadini dwar il-kontenut tiegħu.

Fil-21 ta' Diċembru 2007, il-Kummissjoni ressqet rapport dwar l-integrazzjoni ta' tfal SEN fl-Iskejjel Ewropej. L-opinjoni tal-Kummissjoni bl-Ingliż hi disponibbli fuq il-websajt ta' l-Ombudsman, u se tiġi tradotta fil-lingwi uffiċjali kollha ta' l-UE fi żmien qasir. L-Ombudsman se jiddeċiedi jekk hux meħtieġ li jittieħdu passi oħra fuq il-bażi tal-kontenut ta' dak ir-rapport u fid-dawl tal-kummenti li l-pubbliku jista' jagħmel dwaru. Wara li jirċievi u janalizza l-kontribuzzjonijiet potenzjali taċ-ċittadini, l-Ombudsman se jinforma lill-Kummissjoni dwar il-konklużjonijiet tiegħu permezz ta' ittra, li se titqiegħed ukoll fuq il-websajt tiegħu.