2003 m. lapkričio 19 d. Europos ombudsmenas savo iniciatyva pradėjo tyrimą dėl neįgalių asmenų integracijos (OI/2003/JMA), ypač atsižvelgdamas į tai, kaip visa tai susiję su Europos Komisijos įgyvendinamomis priemonėmis, ir siekdamas užtikrinti, kad nebūtų diskriminuojami neįgalūs asmenys, bendraujantys su institucija.

2007 m. liepos 4 d. ombudsmenas baigė ilgą tyrimą savo iniciatyva, kuriame buvo sudaryta galimybė dalyvauti visiems susijusiems asmenims. Jis padarė išvadą, kad Komisija ėmėsi daugelio teigiamai vertintinų priemonių siekdama užtikrinti, kad neįgalūs asmenys nebūtų diskriminuojami turint mintyje jų santykius su institucija. Buvo nustatytos šios teigiamai vertintinos priemonės: suteikti daugiau galimybių naudotis informacija Komisijos interneto svetainėje ir pagerinti įdarbinimo bei paaukštinimo sąlygas. Vis dėlto, ombudsmenas pabrėžė, kad reikėtų daugiau nuveikti siekiant, kad Komisijos darbuotojai būtų jautresni neįgaliųjų poreikiams, tačiau, kadangi Komisija šioje srityje buvo prisiėmusi daug įsipareigojimų, jis padarė išvadą, kad kitų veiksmų nebereikia.

Ombudsmenas kritiškai vertino Komisijos požiūrį į neįgalių mokinių padėtį Europos mokyklose ir manė, kad toks požiūris netinkamas. Visų pirma, Komisija nepaaiškino, kaip ji ketina įvertinti naujosios Europos mokyklų politikos, pagal kurią siekiama integruoti vaikus, turinčius specialiųjų mokymosi poreikių, įgyvendinimo rezultatus, ir nepateikė tokio vertinimo tvarkaraščio. Norėdamas stebėti, kaip padėtis keisis artimiausiu metu, ombudsmenas paprašė Komisijos iki 2007 m. pabaigos parengti pranešimą apie padarytą pažangą. Ombudsmenas įsipareigojo šį pranešimą paskelbti savo interneto svetainėje, kad piliečiai galėtų susipažinti su jo turiniu.

Komisija 2007 m. gruodžio 21 d. pateikė savo pranešimą apie vaikų, turinčių specialiųjų mokymosi poreikių, integraciją į Europos mokyklas. Komisijos nuomonė anglų kalba jau paskelbta ombudsmeno interneto svetainėje, netrukus ji bus išversta ir į visas oficialiąsias kalbas. Ombudsmenas, remdamasis šio pranešimo turiniu ir atsižvelgdamas į galimus visuomenės komentarus, nuspręs, ar reikia imtis tolesnių veiksmų. Jis išnagrinės galimus piliečių atsiliepimus ir informuos Komisiją apie savo išvadas laiške, kuris bus paskelbtas ir jo interneto svetainėje.