Il 19 novembre 2003 il Mediatore europeo ha avviato una indagine di propria iniziativa sulla questione dell'integrazione delle persone con disabilità (OI/3/2003/JMA), in particolare per quanto concerne le misure applicate dalla Commissione per garantire che le persone con disabilità non siano discriminate nei loro rapporti con l'istituzione.

Il 4 luglio 2007, dopo una lunga indagine cui tutte le persone interessate hanno avuto l'opportunità di partecipare, il Mediatore ha chiuso questa sua indagine di propria iniziativa. Il Mediatore ha concluso che la Commissione aveva adottato alcune misure positive per garantire che le persone con disabilità non venissero discriminate nei loro rapporti con l'istituzione. Tra le misure positive individuate rientrano quelle volte a fornire un più agevole accesso all'informazione attraverso il sito web della Commissione e a migliorare le condizioni di assunzione e di carriera. Il Mediatore ha tuttavia sottolineato che si dovrebbe fare di più per sensibilizzare il personale della Commissione alle esigenze delle persone con disabilità ma, in considerazione del fatto che la Commissione aveva assunto alcuni impegni al riguardo, è giunto alla conclusione che non sarebbe necessaria alcuna ulteriore azione da parte sua.

Per quanto concerne la situazione degli alunni con disabilità delle Scuole europee, il Mediatore ha considerato criticamente l'approccio della Commissione e ha ritenuto che fosse inadeguato. In particolare, la Commissione non era riuscita a spiegare in che modo intendesse valutare i risultati della nuova politica delle Scuole europee per l'integrazione dei bambini con esigenze educative speciali (bambini SEN) e a indicare uno scadenzario per tale valutazione. Al fine di verificare in che modo la situazione si sarebbe evoluta nel prossimo futuro, il Mediatore ha invitato la Commissione a presentargli entro la fine del 2007 una relazione sui progressi realizzati. Il Mediatore ha deciso di pubblicare la relazione sul suo sito web in modo da informare i cittadini in merito ai relativi contenuti.

Il 21 dicembre 2007 la Commissione ha presentato la sua relazione sull'integrazione dei bambini SEN nelle Scuole europee. Il parere della Commissione, in inglese, è ora disponibile sul sito web del Mediatore e a breve termine vi figurerà in tutte le lingue ufficiali dell'UE. Sulla base del contenuto di tale relazione e alla luce dei commenti che l'opinione pubblica potrebbe presentargli al riguardo, il Mediatore deciderà se saranno necessarie ulteriori azioni. Dopo aver ricevuto e analizzato potenziali contributi dei cittadini, il Mediatore informerà la Commissione delle sue conclusioni attraverso una lettera che figurerà su suo sito web.