El 19 de noviembre de 2003, el Defensor del Pueblo Europeo abrió una investigación por iniciativa propia sobre la integración de las personas con discapacidad (ref. OI/3/2003/JMA), centrada en particular en las medidas adoptadas por la Comisión Europea para garantizar la no discriminación de las personas con discapacidad en sus relaciones con la Institución.

El 4 de julio de 2007, el Defensor del Pueblo dio por cerrada esa larga investigación, tras haber brindado a todas las personas afectadas la posibilidad de participar en ella. De acuerdo con las conclusiones del Defensor del Pueblo, la Comisión había adoptado una serie de medidas positivas para garantizar que no se discriminara a las personas con discapacidad en sus relaciones con la Institución. Entre esas medidas positivas señaló la de facilitar en mayor medida el acceso a la información a través del sitio web de la Comisión y la de mejorar las condiciones de contratación y promoción. El Defensor del Pueblo hizo, no obstante, hincapié en que se deberían tomar más medidas para sensibilizar al personal de la Comisión acerca de las necesidades de las personas con discapacidad, aunque, en vista de que la Comisión ya había adquirido una serie de compromisos en ese sentido, llegó a la conclusión de que no era necesaria ninguna actuación más por su parte.

En cuanto a la situación de los alumnos con discapacidad en las Escuelas Europeas, el Defensor del Pueblo criticaba el enfoque de la Comisión, que consideraba inadecuado. En particular, la Comisión no explicaba cómo se proponía evaluar los resultados de la nueva política de las Escuelas Europeas para integrar a los niños con necesidades educativas especiales, ni establecía tampoco un calendario para llevar a cabo dicha evaluación. A fin de controlar la evolución de la situación en un futuro próximo, el Defensor del Pueblo solicitaba a la Comisión que le informara, a finales de 2007, sobre los progresos realizados. El Defensor del Pueblo se comprometió a publicar ese informe en su sitio web para dar a conocer a los ciudadanos su contenido.

El 21 de diciembre de 2007, la Comisión presentó su informe sobre la integración por las Escuelas Europeas de los niños con necesidades educativas especiales. Éste se encuentra ya disponible en versión inglesa en el sitio web del Defensor del Pueblo Europeo, y lo estará en breve en las demás lenguas oficiales de la Unión. El Defensor del Pueblo decidirá si es necesario adoptar medidas ulteriores sobre la base del contenido de dicho informe y en función de los posibles comentarios del público al respecto. Una vez recibidas y analizadas las posibles observaciones de los ciudadanos, el Defensor del Pueblo informará a la Comisión de sus conclusiones por carta, que se podrá consultar asimismo en su sitio web.