Am 19. November 2003 leitete der Europäische Bürgerbeauftragte eine Untersuchung aus eigener Initiative zur Integration von Menschen mit Behinderungen ein (OI/3/2003/JMA), und zwar insbesondere im Hinblick auf Maßnahmen, die die Kommission ergriffen hatte, damit Menschen mit Behinderungen in ihren Beziehungen zur Institution nicht diskriminiert werden.

Am 4. Juli 2007 schloss der Bürgerbeauftragte seine Untersuchung aus eigener Initiative nach längeren Nachforschungen, zu denen alle Beteiligten beitragen konnten, ab. Der Bürgerbeauftragte kam zu dem Schluss, dass die Kommission eine Reihe positiver Maßnahmen ergriffen hatte, um sicherzustellen, dass Menschen mit Behinderungen in ihren Beziehungen zur Institution nicht diskriminiert werden. Zu den von ihm genannten positiven Maßnahmen gehörten ein leichterer Zugang zu Informationen über die Website der Kommission und eine Verbesserung der Einstellungs- und Beförderungsbedingungen. Der Bürgerbeauftragte hob allerdings hervor, dass mehr getan werden sollte, um die Mitarbeiter der Kommission für die Bedürfnisse von Menschen mit Behinderungen zu sensibilisieren; da die Kommission diesbezüglich jedoch bereits eine Reihe von Verpflichtungen eingegangen war, kam der Bürgerbeauftragte zu dem Ergebnis, dies nicht weiter verfolgen zu müssen.

Was die Situation von Schülern mit Behinderungen in den Europäischen Schulen betrifft, so unterzog der Bürgerbeauftragte den Ansatz der Kommission einer kritischen Betrachtung und befand ihn für unangemessen. Insbesondere hatte die Kommission es versäumt zu erläutern, wie sie die Ergebnisse der neuen Maßnahmen der Europäischen Schulen zur Integration von Kindern mit Bedarf an sonderpädagogischer Förderung (SEN-Kinder) bewerten will, und den Zeitplan für eine solche Bewertung vorzulegen. Im Sinne der Beobachtung der Entwicklung in nächster Zeit ersuchte der Bürgerbeauftragte die Kommission, bis Ende 2007 über die erzielten Fortschritte zu berichten. Der Bürgerbeauftragte veröffentlichte diesen Bericht auf seiner Website, um die Bürger über dessen Inhalt zu informieren.

Am 21. Dezember 2007 legte die Kommission ihren Bericht über die Integration von SEN-Kindern durch die Europäischen Schulen vor. Die Stellungnahme der Kommission steht nun in englischer Sprache auf der Website des Bürgerbeauftragten zur Verfügung und wird in Kürze in allen Amtssprachen der EU erscheinen. Der Bürgerbeauftragte wird entscheiden, ob aufgrund des Inhalts dieses Berichts sowie möglicher Stellungnahmen aus der Öffentlichkeit weitere Maßnahmen erforderlich sind. Nach Erhalt und Prüfung etwaiger Beiträge von Bürgerseite wird der Bürgerbeauftragte die Kommission von seinen Schlussfolgerungen in einem Brief unterrichten, der auf seine Website gestellt wird.