Dne 19. listopadu 2003 zahájil evropský veřejný ochránce práv šetření z vlastního podnětu zaměřené na téma integrace osob se zdravotním postižením (OI/3/2003/JMA), zejména pokud jde o opatření prováděná Evropskou komisí, která mají zajistit, aby osoby se zdravotním postižením nebyly v rámci svých vztahů s tímto orgánem diskriminovány.

Dne 4. července 2007 evropský veřejný ochránce práv po dlouhém zkoumání, do něhož měly všechny dotčené osoby příležitost se zapojit, toto šetření z vlastního podnětu uzavřel. Veřejný ochránce práv dospěl k závěru, že Komise přijala řadu pozitivních opatření, která mají zajistit, aby osoby se zdravotním postižením nebyly v rámci vztahů s tímto orgánem diskriminovány. K těmto pozitivním opatřením se podle něho řadí zajištění snazšího přístupu k informacím prostřednictvím webových stránek Komise a zlepšení podmínek přijímání pracovníků a jejich služebního postupu. Veřejný ochránce práv nicméně zdůraznil, že je zapotřebí vynaložit větší úsilí na to, aby se zaměstnanci Komise stali vnímavějšími k potřebám osob se zdravotním postižením. Jelikož Komise již v tomto ohledu učinila množství závazků, dospěl veřejný ochránce práv k závěru, že patrně není třeba žádných dalších kroků z jeho strany.

Pokud jde o situaci žáků se zvláštními potřebami v evropských školách, zaujal veřejný ochránce práv k přístupu Komise kritické stanovisko a konstatoval, že je nedostačující. Komisi se především nepodařilo objasnit, jak hodlá hodnotit výsledky nové politiky evropských škol v oblasti integrace dětí se zvláštními vzdělávacími potřebami (označovaných zkratkou SEN). Pro toto hodnocení Komise rovněž neposkytla časový rozvrh. Aby mohl veřejný ochránce práv sledovat bezprostřední vývoj situace, požádal Komisi o předložení zprávy o dosaženém pokroku do konce roku 2007. Veřejný ochránce práv se zavázal, že tuto zprávu zveřejní na svých webových stránkách, aby se občané s jejím obsahem mohli seznámit.

Zprávu o integraci dětí se zvláštními vzdělávacími potřebami v evropských školách Komise předložila dne 21. prosince 2007. Stanovisko Komise je nyní v anglickém jazyce dostupné na webových stránkách veřejného ochránce práv a brzy bude zpřístupněno také ve všech úředních jazycích EU. Na základě obsahu zprávy a s ohledem na to, jestli budou podány nějaké připomínky ze strany veřejnosti, se veřejný ochránce práv rozhodne, zda bude zapotřebí dalších kroků. Po přijetí a analýze případných příspěvků od občanů informuje veřejný ochránce práv Komisi o svých závěrech formou dopisu, který bude zveřejněn na jeho webových stránkách.