На 19 ноември 2003 г. Европейският омбудсман откри проучване по собствена инициатива по въпроса за интегриране на хората с увреждания ( OI/3/2003/JMA ), по-специално по отношение на приложените от Европейската комисия мерки за гарантиране, че хората с увреждания не са дискриминирани при отношенията си с институцията.

На 4 юли 2007 г., след твърде дълго проучване, в което всички заинтересовани лица получиха възможност да участват, Европейският омбудсман приключи това проучване по собствена инициатива. Европейският омбудсман заключи, че Комисията е предприела известен брой положителни мерки с цел да гарантира, че хората с увреждания не са дискриминирани при отношенията им с институцията. Сред положителните мерки той открои тези, които предоставят по-лесен достъп до информация чрез интернет сайта на Комисията и подобряват условията за подбор на персонал и повишаване в длъжност. Все пак, Европейският омбудсман подчерта, че е необходимо да се работи още за насочване на вниманието на персонала на Комисията към нуждите на хората с увреждания, но тъй като Комисията е поела известен брой ангажименти в това отношение, той е стигнал до заключението, че никакво друго действие от негова страна не се налага.

Що се отнася до положението на учениците с увреждания в Европейските училища, Европейският омбудсман изрази критично мнение по отношение на подхода на Комисията и го счете за неправилен. По-специално, Комисията не е успяла да обясни как е възнамерявала да направи оценка на резултатите от новата политика за интеграция на деца със специални образователни нужди от Европейските училища и да посочи график за извършването на такава оценка. С цел контролиране на начина, по който положението ще се развие в близко бъдеще, омбудсманът поиска Комисията да докладва до края на 2007 година за постигнатия напредък. Омбудсманът пое задължението да публикува този доклад на своя интернет сайт, за да информира гражданите относно съдържанието му.

На 21 декември 2007 г. Комисията предаде доклада си относно интеграцията на деца със специални образователни нужди от страна на Европейските училища. Становището на Комисията на английски език може да се намери на интернет сайта на Европейския омбудсман и скоро следва да бъде публикувано на всички официални езици на ЕС. Омбудсманът ще реши дали са необходими някакви по-нататъшни действия въз основа на съдържанието на този доклад и като се имат предвид всички коментари, които обществото евентуално ще направи по него. След като получи и анализира евентуалните коментари на гражданите, омбудсманът ще информира Комисията за заключенията си с писмо, което ще бъде публикувано на неговата интернет страница.