En 2001, un médecin allemand avait présenté à la Commission européenne une plainte pour non‑respect par l'Allemagne de la législation européenne en matière de temps de travail, et plus particulièrement en ce qui concerne les heures de garde effectuées par les médecins en milieu hospitalier. Les règles applicables avaient été définies par la directive 93/104/CE et sont restées en vigueur jusqu'au remplacement de celle‑ci par la directive 2003/88/CE. Dans deux arrêts rendus en 2000 et 2003, la Cour de justice des Communautés européennes a statué que les heures de garde doivent être considérées comme du temps de travail au sens de ces règles.

Dans une plainte adressée au Médiateur en décembre 2003 (plainte 2333/2003/GG), le plaignant alléguait que la Commission n'avait pas traité sa plainte dirigée contre l'Allemagne dans un délai raisonnable. Après examen de l'affaire, le Médiateur a estimé que l'allégation du plaignant était fondée, en relevant toutefois que l'Allemagne avait récemment introduit dans ce domaine une nouvelle législation que la Commission devait encore examiner et que cette dernière acceptait que les arrêts de la Cour de justice avaient clarifié les questions juridiques en cause. Supposant que la Commission ne tarderait plus à traiter la plainte pour infraction au droit communautaire déposée par le plaignant, le Médiateur a clos son enquête.

En novembre 2005, le plaignant s'est de nouveau adressé au Médiateur. Dans sa nouvelle plainte (3453/2005/GG), le plaignant réitérait sur le fond l'allégation qu'il avait soulevée dans sa précédente plainte, selon laquelle la Commission n'avait pas traité sa plainte pour infraction au droit communautaire dans un délai raisonnable. Le Médiateur a décidé d'ouvrir une nouvelle enquête.

Dans son avis, la Commission a signalé qu'elle avait présenté en septembre 2004 au législateur communautaire une proposition de modification de la directive 2003/88/CE, en précisant qu'elle examinerait la plainte pour infraction au droit communautaire déposée par le plaignant à la lumière de cette proposition et de ses discussions en cours avec les autres institutions communautaires.

Le Médiateur a estimé que la présentation d'une proposition de modification d'une directive ne permettait pas à la Commission d'ignorer son obligation de veiller au respect de la directive existante par les États membres. Il a également considéré que le pouvoir d'appréciation dont la Commission dispose incontestablement en ce qui concerne les allégations d'infractions au droit communautaire par les États membres ne l'autorisait pas à reporter indéfiniment une conclusion concernant une plainte au motif que le texte législatif applicable risquait d'être modifié par la suite.

Le 12 septembre 2006, le Médiateur a donc adressé à la Commission un projet de recommandation l'invitant instamment à traiter le plus rapidement possible la plainte pour infraction au droit communautaire.

Dans son avis circonstancié, la Commission a maintenu sa position.

Par conséquent, le Médiateur a soumis, le 10 septembre 2007, un rapport spécial au Parlement concernant cette affaire.